La red se arrastra a la profundidad deseada, durante el tiempo requerido y a la velocidad que se programó, de acuerdo con los objetivos del estudio que se esté realizando, y al terminar el arrastre se lavan las paredes de la red para concentrar el plancton que se coloca en un frasco de colecta que contenga agua del mar, a la que se le agrega formol para su fijación, conservación y estudio posterior.

Otro método de captura del plancton es por medio de tomamuestras de agua, que se utiliza para la investigación del fitoplancton y en la colecta para estudios cuantitativos de plancton, porque toma un volumen exacto de agua junto con el de organismos que viven en ella, con la ventaja de que la relación entre el volumen de agua y el contenido de plancton se da directamente; los más utilizados son los del tipo friedinger, que tienen tapas verticales que se cierran por mensajero, evitando turbulencias en las capas de plancton.

El agua colectada con el tomamuestras, cualquiera que sea su construcción, se pasa a través de un embudo, que lleva en la boca una pieza de gasa que retiene al plancton, y éste se coloca en una botella y se fija.

La mayoría de los tomamuestras tienen un volumen pequeño, dando por ello valores no muy seguros, de modo que se deben introducir varias veces en la misma profundidad. El más común es el de dos litros de capacidad. Estos aparatos no son muy utilizados de ordinario por los oceanógrafos porque los organismos de mayor movilidad del plancton escapan con este sistema de captura; sólo son recogidos los organismos poco móviles e inactivos, proporcionando, por lo tanto, una imagen planctónica inexacta.

El tercer método para capturar plancton es el de las llamadas bombas de agua, las cuales consisten de un tubo que se sumerge a la profundidad deseada y por acción de la bomba se succiona el agua y se filtra una cantidad determinada a través de una tela, quedando retenidos la totalidad o la mayor parte de los organismos del plancton. Después de la colecta se concentran los individuos contenidos en una cierta cantidad de agua por medio de una centrífuga, pudiéndose estudiar este plancton cuantitativa o cualitativamente. Las mejores bombas son las activadas por electricidad.