La clasificación de las diatomeas se basa en las características de sus valvas, reconociéndose dos clases: las centrales, caracterizadas por tener sus valvas circulares, presentando sus estructuras un arreglo concéntrico, y las penales, que tienen sus valvas alargadas con las estructuras arregladas a los lados de un eje central llamado rafe.

Como ejemplo de diatomeas centrales se pueden nombrar a los géneros Skeletonema y Chaetoceros que presentan aumentos masivos, sobre todo en aguas cercanas a las costas, y el género Rhizosolenia, que se encuentra en condiciones más oceánicas. Entre las diatomeas penales destacan Asterionella, Thalassiothrix, que se desarrollan perfectamente en aguas costeras, y Nitzschia en oceánicas.

Otros organismos del fitoplancton son los dinoflagelados o peridíneas, formados por una sola célula, que contienen diferentes pigmentos que les dan coloraciones verdes o rojas, principalmente, aunque algunos de ellos carecen de dichos pigmentos. Estos seres vivos son colocados dentro del grupo de las Pirrofitas ("pirros" color de fuego y "fiton" planta).

Su cuerpo está cubierto por un caparazón que tiene celulosa, sustancia característica de los vegetales, dividido en dos regiones por un surco ecuatorial, una superior o epiteca y otra inferior o hipoteca. En el surco lleva un filamento muy delgado llamado flagelo que le sirve para su locomoción; a la disposición de este flagelo en el surco ecuatorial se debe el nombre de peridíneas que viene del griego "peri" que significa alrededor y "dine" remolino. Además de este flagelo transverso tiene otro longitudinal largo que sobresale en la región anterior, el cual permite avanzar al organismo. Por presentar estos dos flagelos se les llama también dinoflagelados.