Los silicoflagelados, que viven en aguas frías y constituyen los manjares predilectos de ciertas larvas planctónicas de las estrellas de mar, son un grupo de protistas unicelulares caracterizados por presentar una cubierta silicosa constituida por una red de elementos tubulares en forma de un enrejado. Miden entre 50 y 80 micras.

La célula de los silicoflagelados, que es poco conocida porque se destruye con facilidad cuando se colecta, presenta un flagelo largo y un cromatóforo. Los silicoflagelados más conocidos pertenecen a los géneros Mesocena, Dictyocha y Distephamus y su clasificación, así como la de los fósiles, se basa en las características de su cubierta. Se conoce un número mayor de especies fósiles que de las actuales.

Otras algas unicelulares, las cianofíceas, relacionadas directamente con las bacterias y consideradas como los organismos más primitivos, son muy escasas en el plancton marino. Se ha reportado el género Nostoc en mares tropicales, así como el género Oscillatoria, que en estas aguas cálidas forma conjuntos llamados haces o copos visibles a simple vista.