La nutrición de los dinoflagelados generalmente es autótrofa, pero los que no tienen pigmento ingieren el alimento ya formado a través de sus membranas. Varias son parásitas y viven a expensas de su huésped; otras viven en simbiosis con algas del tipo de las zooclorelas y zooxantelas, que les dan el alimento. El cultivo de las peridíneas es un proceso difícil, porque se cuenta con poca información en relación con sus necesidades alimenticias.

Por estos tipos de nutrición, donde se presentan características tanto de vegetales como de animales, además de la presencia de los flagelos, el organoide fotorreceptor y la vacuola excretora, que también se consideran como rasgos de animales, a estos organismos se les coloca dentro del grupo de los protistas; sin embargo, son clasificados dentro del fitoplancton por presentar clorofila y ser capaces de realizar fotosíntesis.

Su reproducción se lleva a cabo por división binaria. Tienen un plano de segmentación oblicuo o longitudinal y después de dividirse regeneran la parte faltante. La reproducción asexual se presenta en pocas especies. La velocidad del proceso de reproducción es comparable con la de las diatomeas, calculándose 2 millones de individuos por litro en condiciones normales.