También, como elemento esencial del fitoplancton se encuentran otros pequeños flagelados que son los cocolitofóridos y los silicoflagelados. Los cocolitofóridos, vegetales cuya talla mínima sólo alcanza décimas de micra, es decir menos de la milésima parte de un milímetro, y cuya máxima talla puede llegar hasta 40 micras, abundan en las capas profundas de los mares cálidos y templados, y en los mares fríos, en sus capas superficiales. La pequeña célula que forma su cuerpo está encerrada en un caparazón que presenta placas de carbonato de calcio llamadas "cocolitos" que, generalmente, son redondeadas, circulares o elípticas y pueden llevar una perforación central, denominándose entonces "tremalitos" o, si carecen de ella, "discolitos".

En unos géneros los cocolitos son homogéneos y en otros pueden estar diferenciados; suministran los caracteres básicos para su clasificación. Con la utilización del microscopio electrónico de barrido se han logrado observar particularidades que permiten hacer una mejor clasificación.

Estos organismos presentan en su célula dos flagelos iguales, dos cromatóforos de color pardo amarillento y grasas, como sustancia de reserva. La mayoría de los cocolitofóridos realizan fotosíntesis, pero algunos son capaces de alimentarse capturando otros organismos más pequeños o aprovechando sustancia orgánica en descomposición. Su célula se multiplica por bipartición.