El zooplancton presenta variaciones según las diferentes estaciones del año, las que son más marcadas cuando el área donde vive está más lejos del ecuador. El fitoplancton responde a los cambios de intensidad luminosa y de temperatura, por lo cual abunda en primavera y, al existir mayor cantidad de alimentos disponible, se presenta un aumento en la población herbívora de animales del plancton y, después de un breve intervalo, se incrementa la población carnívora de zooplancton, lo que hace que el fitoplancton disminuya durante el verano y el otoño y después lo haga el zooplancton, siendo mínima su cantidad en invierno.

La tolerancia a los cambios de temperatura varía de una especie a otra dentro del zooplancton; ciertos copépodos, ctenóforos, medusas y quetognatos se encuentran únicamente en aguas polares.

Por lo tanto la distribución del zooplancton está ligada a los cambios de temperatura, y como ésta cambia de acuerdo con la profundidad, algunos organismos zooplanctónicos que viven cerca de la superficie en aguas de latitudes altas se localizan a mayores profundidades cerca del ecuador.